整合多维高通量组学数据解析炎癌转化的关键基因与功能通路

研究炎症对癌症的促进作用的机制是一个十分重要的科学问题。本课题利用不同种组织的炎症和癌症的多维高通量数据（基因表达、miRNA表达、染色体拷贝数改变、DNA甲基化、体细胞突变等）识别炎症转化为癌症相关的关键基因与功能通路,并识别确认炎症促癌通路与抑癌通路；结合蛋白质互作、转录调控网络等蛋白质功能关系网络分析炎癌转化相关基因的功能连接与转录调控关系，识别与癌基因频繁连接的关键炎症相关基因；结合癌症多维高通量数据构建炎症与癌症相关通路的功能交互网络，分析炎症与癌症共相关通路之间以及这些通路与其他癌症相关通路之间的协作关系（如共突变、共拷贝数改变、共甲基化与共表达改变等），识别在各通路的信息交互中起关键作用的枢纽（Hub）基因及枢纽通路,分析调节这些功能通路主要的调节因子miRNA，转录因子等，建立基于多维高通量组学数据解析炎癌转化的关键基因与功能通路的分析平台。

本项目按原计划完成。在该项目研究过程中，我们基于不同组织的炎症和癌症的多维高通量数据（基因表达、miRNA表达、DNA甲基化等）识别炎症转化为癌症相关的关键基因与功能通路；结合蛋白质互作、转录调控网络等蛋白质功能关系网络分析炎癌转化相关基因的功能连接与转录调控关系，识别与癌基因频繁连接的关键炎症相关基因；结合癌症多维高通量数据构建炎症与癌症相关通路的功能交互网络，分析炎症与癌症共相关通路之间以及这些通路与其他癌症相关通路之间的协作关系，识别在各通路的信息交互中起关键作用的枢纽（Hub）基因及枢纽通路，探讨了miRNA协同调控作用，癌症/炎症相关的microRNA靶点多态，优化癌症/炎症等复杂疾病风险通路等，分析异常甲基化模式的lincRNAs参与了炎症/癌症的发生发展，并扩展我们的工作：基于整合基因组、调控组和转录组识别炎症/癌症相关的lncRNA，建立了LincSNP：人类长链非编码RNA（lincRNA）与炎性疾病、癌症风险SNP的关联数据库，也建立了基于多维高通量组学数据解析炎癌转化的关键基因与功能通路的分析平台。完成和发表SCI论文26篇，研究论文发表在国外著名生命科学杂志《Nucleic Acids Research》(SCI IF: 8.808）,《Scientific Reports》(SCI:5.078),《Human Molecular Genetics》(SCI IF: 6.677）,《Molecular BioSystems》(SCI IF:3.183),《PLoS One》(SCI IF:3.534)等杂志上。同时，研究成果进行了国内、国际学术交流和实际应用，具有潜在的社会效益和经济价值.