华东地区肺炎链球菌PMEN14克隆株的分子变异和群体进化规律研究

肺炎链球菌(SP)是儿童社区获得性感染的主要致病菌。近年来，SP对常用抗生素的敏感性逐年下降、多耐药菌株不断涌现、血清型变迁和更替的速度加快等现象表明SP克隆株的流行和传播是主要原因。我国流行的是PMEN14(Taiwan19F)克隆株。本研究将以PMEN14克隆株为研究的突破口，系统收集临床SP菌株，在检测菌株的耐药谱和血清型的基础上，进行多位点序列分型(MLST)，并获取PMEN14克隆株的耐药基因mefA、ermB、pbp1a、pbp2b、pbp2x和血清型基因cps核苷酸序列信息，分析PMEN14克隆株的耐药和血清型改变分子机制，了解菌株基因DNA序列发生突变、重组、转化等现象的规律，构建系统进化树、计算进化距离和频率分布，拟合核苷酸替换模型，推断不同菌株及克隆复合体的同源性，追溯PMEN14克隆株种群演变规律，从而掌握PMEN14克隆株进化对人群SP感染的影响。

本研究以苏州市为研究现场，通过在苏州大学附属儿童医院系统纳入5岁以下呼吸道感染患儿，采集痰液标本，检测肺炎链球菌携带情况，用Etest 方法检测菌株的对多种抗生素的耐药性；并做了肺炎链球菌的血清分型、PCR扩增大环内酯类药物耐药基因，研究相关耐药机制；运用多位点序列分型技术（MLST）了解菌株的序列型；识别肺炎链球菌多耐药克隆株PMEN14,分析PMEN14克隆株流行的规律和影响因素；计算不同菌株间遗传距离，了解不同序列型菌株和耐药克隆株变异和进化的规律。结果提示，苏州地区呼吸道感染住院儿童鼻咽部肺炎链球菌的携带率与国内其他研究结果相似，但发现携带率随年龄增长而明显上升的趋势；已分离的菌株耐药率高，与我国引入7价肺炎链球菌结合疫苗（PCV7）前所分离的菌株相比，耐药率呈上升趋势，尤其是青霉素不敏感率上升明显，多重耐药率亦高达98.3%；携带菌株最常见的血清型为19F, 6B, 23F和19A, PCV7的覆盖率约达到为72.8%。本研究发现ST271, ST320,ST81,ST3173和ST876是最常见的序列型，占所有菌株的60.0%，此外研究还发现了多种新的序列型。在苏州地区存在多种耐药克隆株，且耐药克隆株的数量占所有菌株的70.3%。最为常见的多耐药国际流行克隆株为PMEN14,其次为PMEN1和PMEN37。不同克隆群内菌株突变的规律并不相同，如本研究发现的主要克隆群CC271内，最初识别的Taiwan19F-14克隆株（ST236），通过转化、转座等方式水平转移基因，现已形成了12种不同STs。从各地分离的菌株信息比较分析，发现ST236经过两次突变形成的ST320，是本研究发现的主要序列型，也已是CC271克隆群内流行最广泛的ST。