利用基因振荡回路合成PHBV嵌段式共聚物的基础研究

One of the key breakthrough technologies at present is reconstructing organism purposively by using synthetic biology to solve the major issues in biomedicine, biofuel and biomaterial fields. The superior performance of PHBV block copolymer made it one of the significant and challenged researches in copolymer biosynthesis. This study for the first time introduces gene circuits from synthetic biology into PHBV block copolymer biosynthesis in Escherichia coli. We use these biological parts and modules: LuxI/LuxR quorum sensing system, AHL degrading enzyme AiiA, threonine dehydratase IlvA, to assembly modules and gene oscillator on well-characterized chassis, generating program-controlled synthetic PHBV block copolymer. The relationship between gene oscillator and PHBV block copolymer biosynthesis can be discovered by analysis of enzyme activity and metabolic intermediates. The distribution rule and the molecular foundation of the block copolymer can be clarified by detecting its structure and performance function. Optimizing the gene circuit will be the groundwork for improving the composition of the PHBV block copolymer.

利用合成生物学手段对生物体进行有目的的改造，从而解决生物医药、能源及生物基材料等领域的重大疑难问题是现阶段重点突破的关键技术之一。而聚3羟基丁酸3羟基戊酸酯(简称PHBV)嵌段式共聚物因其更优越的性能是聚合物生物合成中最富有意义且具有挑战性的研究工作之一。本项目首次将合成生物学中的基因回路引入了大肠杆菌PHBV嵌段式合成中，将群体感应模块LuxI/LuxR，信号分子降解酶AiiA和3HV合成中的关键酶IlvA元件组装成振荡器，植入经改造的大肠杆菌"底盘"中，利用信号分子浓度的周期变化振荡调节IlvA的表达，进而调节共聚物中3HV的链段式掺入，产生由基因程式控制合成的嵌段式PHBV。利用酶活检测及代谢物检测，揭示振荡回路与PHBV嵌段式共聚物合成的关系；并通过表征嵌段式共聚物的结构与性能，阐明嵌段共聚物的分布规律和分子基础；同时优化调整基因回路，为改善PHBV嵌段共聚物的组成奠定基础。

本项目首次将合成生物学中的基因回路引入了大肠杆菌PHBV的合成中，将群体感应模块LuxI/LuxR，信号分子降解酶AiiA和3HV合成中的关键酶IlvA元件组装成振荡器，植入经改造的大肠杆菌“底盘”中，利用信号分子浓度的周期变化振荡调节IlvA的表达，进而调节共聚物中3HV的含量变化，产生由基因程式控制合成的嵌段式PHBV。通过大片段基因组整合的方法构建了大肠杆菌经苏氨酸合成PHBV“底盘生物”：将PHBV苏氨酸操纵子thrABC以及PHBV聚合物合成操纵子phaCBB进行基因组整合；然后通过群体感应元件构建振荡回路，优化其进行自发振荡：利用来自于费氏弧菌的luxI/luxR系统，以及来自于苏云金芽孢杆菌的AHL降解酶aiiA基因，构建基因表达的振荡回路。通过组成型表达luxR来保证足够的结合蛋白，以及将LuxI添加了不同降解效率的降解标签来有效积累AHL，振荡回路得以自发进行。通过振荡器调控苏氨酸脱水酶IlvA使得大肠杆菌能够发酵合成3HV含量6mol%的嵌段共聚物，同时在苏氨酸途径基础上引入柠萍酸途径提高PHBV中3HV含量至25mol%。本研究采用以葡萄糖为唯一碳源、无需添加辅助碳源的基本思路，通过群体感应设计的同步的振荡器回路，拓展了合成生物学的工程平台，同时获得性质优良的PHBV共聚物。