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There are two layers of evolutionary processes, those that happened at the macro-level (i.e. macroevolution) and those that happened at the micro-level (i.e. microevolution, e.g. at the molecular level). The macroevolution emphasizes on the evolution between species resulting from the long term evolution, while microevolution focuses on the polymorphism within populations, on their fitness consequences and contributions to the organismal phenotypes. Adaptive changes happened during microevolutionary processes often provide explicit underpinnings of the favorable phenotypic traits and might elucidate the genetic basis of complex phenotypes. They are the major focus of evolutionary biology. This research proposal plans to characterize the genomic and transcriptomic differences between phenotypically diverse individuals, aiming to address the genetic basis of complex phenotypic evolution and understand the relationships between genetic variations and phenotypic differentiation. The advances in this work will allow a more detailed description of the evolutionary theory constructed upon molecular genetics and help facilitate the evolutionary theory to a much higher level.

生物进化的研究体现在两个层次上：微进化（microevolution）和宏进化（macroevolution）。宏进化研究侧重于观察大的时间尺度下的生物性状变异；而微进化指的是种内或近缘物种之间的进化,是生物变异的源头和适应环境的基础。微进化研究着重于基因对性状的影响，以及选择对基因变异的作用。微进化中适应性表型的变异通常具有可明确阐明的分子与遗传基础，可以追溯其发生发展的过程，有规律可循，因此是生物学领域关注的焦点之一。本重大研究计划建议通过分析微进化过程中表型变异生物的基因组及转录组，阐明复杂表型变异的遗传机制，以期建立遗传变异与表型变异之间的相互关系，使进化理论奠定在更坚实的遗传学基础上，推动进化理论的进一步发展与完善。

重大研究计划“微进化过程的多基因作用机制”项目在2013、2014两年中，由基金委主办，中国科学院北京基因组研究所承办组织了两次预评会及评审会、两次项目年度交流暨学术研讨会及专家组会议，并组织举行了项目分地区汇报会。评审会由指导专家组成员和特邀的国内知名学者担当项目评审委员。评审们秉承公平公正的原则，按照重大研究计划的指导思想和项目指南，选出优秀的项目给予支持。指导专家组成员组织召开项目分地区汇报会，对接下来重大研究计划的发展任务进行明确。2014年，重大研究计划以国际会议形式，资助了“冷泉港亚洲－进化遗传和基因组学／Evolutionary Genetics and Genomics”国际会议。会议特别设立“微进化过程的多基因作用机制／Multigenic interactions driving micro-evolutionary processes”主题，重大研究计划项目负责人就其研究成果和进展进行报告。2013年12月，重大研究计划“微进化过程的多基因作用机制”项目2013年度交流暨学术研讨会在中国上海举行。2014年12月，重大研究计划“微进化过程的多基因作用机制”项目2014年度交流暨学术研讨会于在中国武汉举行。获得重大研究计划资助的全部项目负责人全程参会并进行报告。指导专家组对各项目发展情况进行了分析和评估，并明确下一年的责任和任务，进一步确保重大研究计划的顺利进行和发展。