支原体的必需基因识别与核心基因组分析

底盘是合成生物学工程化的基础，成功构建的基因线路需要植入底盘内才能可靠行使其功能。理想的底盘需要从头开始设计，而细菌必需基因与核心基因组的研究是自下而上构建底盘的关键。支原体是开展底盘生物的核心基因组研究的最好对象。本项目基于当前已测序支原体的基因组数据，从必需基因数据库（DEG）中的已知必需基因出发，借助基因组学和生物信息学技术，开发一种可靠的预测必需基因的新算法，对支原体的必需基因进行广泛识别，据此建立预测必需基因数据库（pDEG），并着重于对支原体的核心必需基因及核心基因组的构成进行系统分析，更好地理解支原体基因组的组织形式和分布规律，从而为理想底盘生物的人工设计与实现奠定基础。

依据合成生物学工程化的理念，设计和构建的基因线路需植入底盘内行使其特定功能，理想的底盘应从头开始设计。必需基因编码生命活动中不可缺少的功能，因而关于细菌必需基因的研究是自下而上构建底盘基因组的关键。支原体是开展此类研究的最佳对象。项目实施期间，必需基因数据库（DEG）已更新为版本7.0，我们基于这些实验测定的必需基因，借助生物信息学方法，开发了识别细菌必需基因的新算法，并对支原体及其它细菌的必需基因进行了广泛预测。同时建立了预测必需基因数据库（pDEG），得到相关研究人员的重视。通过对支原体的核心必需基因进行系统分析，可为进一步理解基因组的组织形式和分布规律奠定基础。