序列特征研究及其在基因组分析中的应用

研究基因组序列信息组织或结构上的规律，发现新的基因组序列特征，用以辨别来自不同物种的基因组序列，分析基因组之间的进化关系。我们的研究将跨越传统序列特征的局限，重点研究DNA 序列上非相邻碱基之间的关联性，由此提出基于特征的基因组序列分析和搜索方法，发展新的基因组孤岛或DNA水平转移识别方法，同时建立一个基于特征的基因组序列数据库搜索系统。本项目研究的意义在于发现新的基因组序列碱基关联性特征，这种特征与传统的序列组成特征完全不同，能够更好地反映序列信息组织结构的特点；所提出的基于特征的分析方法是针对大规模基因组序列而发展的新方法，可以适应越来越多、越来越大的全基因组序列；而将基于序列特征的基因组数据库搜索方法与传统的序列搜索方法结合起来，可望扩大基因组数据搜索方法适用的范围，提高搜索的效率，所建立的基因组序列特征搜索系统可以作为分析和发现DNA水平转移的一种计算平台。