肺炎克雷伯菌的遗传多态性与微进化研究

肺炎克雷伯菌（Kp）是临床常见的条件致病菌。众多毒力因子的存在以及耐药性的不断变迁是导致该菌具有较强致病性及引起反复感染的主要原因之一，了解其种群结构和微进化对于防控该菌的感染具有重要意义。本研究拟对不同型别KP菌的遗传多态性进行研究，收集大量的代表性肺炎克雷伯菌（KP）菌株，并尽可能的代表KP菌的种群多样性，综合运用MLST、基因组Solexa测序、SNP分析、DNA芯片比较基因组杂交、大规模PCR等技术，分析大量关键基因或位点的遗传多态性，分析各菌株/菌型的系统发育关系，认识单碱基突变、基因获得、基因缺失在基因组微进化中的作用，了解KP菌的种群结构，探究强毒或高耐药菌群的遗传基础，以图更加深入掌握KP菌毒力进化和耐药产生的规律，为KP菌的分型、溯源、合理治疗奠定理论基础。

肺炎克雷伯菌（KP）是临床常见的条件致病菌，为了解其种群结构和微进化，从北京、深圳和重庆三地医院收集了430株性KP菌临床分离菌株，进行了MLST分析、强毒性血清型鉴定、关键毒力基因鉴定及LVPC分型等一系列研究。.建立了适用于KP菌的基因组DNA提取方法，并提取了430株KP菌的基因组DNA。对KP菌进行MLST分析，得到327株KP菌的ST型，共分为128个ST型，其中占优势的ST型主要为ST6、ST15、ST21、ST30、ST38。对KP菌强毒性血清型K1、K2、K5、K20、K54和K57型进行了筛选鉴定，发现K1血清型菌株所占比例均较高，较为流行；不同地区医院的主要流行血清型有所差异。关键毒力基因位点特异性PCR分析显示菌株中的ureA、wabG和fimH毒力因子检出率较高，iroNB毒力因子检出率最低。除wabG和ureA的检出率为100%以外，其余的毒力基因在不同的血清型中均有各自的分布特点。对筛选出的82株强毒性血清型菌株进行LVPC位点分布分析，发现82株菌可分为30个独特的LVPC图谱，即30种LVPC型，菌株聚类生成K1，K2，K5，K20，K54和K57共6个群，提示LVPC分析与血清型分型具有一致性。选6株代表性菌株进行SNP分析，发现6株菌均存在不同数量的SNP，相同血清型菌株之间SNP数量相对较少。InDel分析结果显示在6株菌中均有较多的插入/缺失突变，大部分发生在非编码区，推测细菌在长期进化过程中，非编码区序列存在着更多变异多样性。.本研究对不同型别KP菌的遗传多态性进行了研究，从而认识单碱基突变、基因获得、基因缺失等基因变异在基因组微进化中的作用，为KP菌的分型、溯源奠定了理论基础。