肝癌特异的外周血中长链非编码RNA的鉴定与功能研究

The project is planned to first analyze the transcriptome by deep sequencing of plasma in a small sample of patients with hepatocellular carcinoma (HCC) after HBV infection, and compare the data with those from tumor tissue in the same patient, and determine that whether lncRNAs specific to HCC can be identified in plasma and their ratio in RNAs in plasma.Meanwhile, by comparing RNA-seq data sets from PBMC of HCC patients and those of healthy controls, the different lncRNAs profiles help to find lncRNAs with aberrant expression in PBMCs from HCC patients. Next, HCC-specific lncRNAs and those HCC-PBMC-specific lncRNAs will be tested in a larger sample size. Testing HCC specific lncRNAs in plasma will provide a useful method for screening HCC or tumor diagnosis, and functional analysis of HCC-PBMC specific lncRNAs will introduce new directions for investigating the immune responses changes of HCC patients.

本项目拟首先针对少量样本通过深度测序解析HBV感染后肝癌患者的外周血的转录谱组成，对比相同个体的肝癌组织的转录谱数据，验证肿瘤特异的lncRNAs是否被释放到循环系统中及其在血浆RNA转录谱中的比例；同时，通过对比肝癌患者和正常个体的外周血单核细胞的lncRNAs转录谱，确定两组个体中差异表达的lncRNAs，并通过扩大病例数验证上述两类lncRNAs在相应样本中的差异表达。外周血肝癌特异的lncRNAs检测为肿瘤的筛查检测提供了新的思路，本研究将为此种检测方案的开发提供重要基础数据和初步尝试，将为肝癌的早期诊断、复发监测等提供重要手段；针对肿瘤患者和正常个体外周血单核细胞中差异表达的lncRNAs分子进行功能分析，将为肝癌患者体内免疫机能改变的分子机制提供新的研究方向。

本项目通过深度测序解析HBV 感染后肝癌患者的外周血的转录谱组成, 获得6套高质量外周血血浆转录组数据集，通过对转录本重建以及基于整合数据库注释获得3288条可信的长非编码RNA。通过对外周血血浆、肝癌和癌旁组织的对比分析，分别确定编码转录本、非编码转录本在不同组织中的差异表达，发现非编码转录本在转录中的表达水平分布范围更广，有更多超高水平的转录本存在，然而对比相同个体的肝癌组织的转录谱数据，发现虽然肿瘤特异的 lncRNAs 可以被释放到循环系统中，但其在血浆RNA 转录谱中的丰度并不高，血浆中高表达的lncRNA可能受到血细胞和机体的其他器官产生的外泌体RNA的影响。