PDGF信号通路相关基因突变与非综合征型唇腭裂的关联研究

非综合征型唇腭裂（nonsyndromic cleft lip with or without palate, NSCL/P）是最常见的出生缺陷之一。本小组通过前期实验发现，血小板衍生生长因子（PDGF）信号通路相关基因与腭形成密切相关。我们推断PDGF家族成员（PDGFC、PDGFA、PDGFR-α）的基因突变可能导致中国人非综合征型唇腭裂的发生。因此，本研究选择表型严重的、有家族史的NSCL/P患者50人，对PDGFC、PDGFA、PDGFR-α的编码区及非编码区的保守序列进行测序，找出和疾病相关的多态性位点。进而，以300个散发NSCL/P核心家系为研究对象，通过传递不平衡检验及亲缘似然比检验，验证多态性位点与NSCL/P的关联关系。本研究希望找到PDGF信号通路上与中国人NSCL/P相关的多态性位点。这将会进一步阐明中国人唇腭裂的发病机制，为实现唇腭裂的产前筛查奠定基础。

第一阶段选取重度非综合征型唇裂并腭裂患者136人，正常对照54人，采用Roche NimbleGen混合样本目标区域捕获和Illumina HiSeq测序进行基因突变的筛查。目标区域包括：1）血小板衍生生长因子（PDGF）信号通路中与唇腭裂发生相关的三个基因：PDGFC、PDGFA、PDGFR-α；2）本研究组前期候选基因研究中发现的在PDGFC基因附近两个有阳性信号基因：GLRA2和GLRB；3）既往唇腭裂GWAS研究中筛选出的7个重要阳性基因或区域：ABAC4、MAFB、IRF6、8q24、PAX7、VAX1、NTN1基因。捕获范围包含各基因全长及其上游5000bp启动子区，总长度为1,546,009bp。对测序数据进行功能注释和位点过滤共筛选出25个SNP位点进行进一步验证。第二阶段选取唇腭裂患者400人和正常对照200人，采用Sequenom MassArray飞行时间质谱生物芯片对25个SNP位点进行验证。应用Plink软件进行关联分析，通过卡方检验发现：1）PDGFC基因的SNP位点（Chr4:157863480）与NSCL/P正相关（OR=5.507），使患病的危险度增加。该位点是新发现的SNP位点，位于PDGFC基因转录因子调控区域，可能影响基因表达；2）IRF6基因的SNP位点rs12405750（P=3.71×10-6）和rs2235371（P=8.77×10-6）等位基因频率在病例组和对照组间存在显著差异，与中国人群非综合征型唇腭裂密切相关。且两位点在同一LD区域，具有连锁关系；3）NTN1基因的SNP位点（Chr17:8999478）与NSCL/P正相关（OR=2.021），使患病危险度增高。该位点是新发现的SNP位点；4）ABCA4基因的SNP位点rs77785614与NSCL/P负相关（OR=0.4507），可能使患病的危险度降低。