甘蓝C01染色体重组抑制区的结构组成及其遗传效应

Aiming at the suppressed recombination of chromosome C01 between cabbage YL-1 and Chinese kale 11-192, which was discovered for the first time in the world, different subspecies of Brassica oleracea L. and the F1 plants produced by YL-1 and 11-192 are used as materials on the basis of genomic sequence comparison,the structural variation that caused suppressed recombination is identified with FISH techniques. Eight F2 population produced from the inter-subspecies F1 of cabbage and Chinses kale are used to identify their recombination rates in the structural variable region (SVR) of C01 chromosome, and the effect of SVR on the recombination rates is further comfirmed. Four F2 population produced from the intra-subspecies F1 of of cabbage and Chinses kale, are screend with InDel markers to construct high-density linkage map and detect the QTL loci, which will interpret the genetic effect of the suppressed recombination region. The substitution lines are produced with the F1 (YL-1×11-192) backcrossed with their parents for six generations, and the genetic effect of SVR is further identified by phenotype investigation. This project belongs to an integrated cross-disciplinary research to connect the germplasm resources, basic research and conventional breeding. The elucidation of structural composition of suppressed recombination region and its genetic effect is of great significance to guide the trait impovement from different subspecies and provide basis for the evolution analysis in B. oleracea L.

基于国内外首次发现的变种材料结球甘蓝YL-1与芥蓝11-192之间C01染色体重组抑制现象，在基因组序列比对分析的基础上，以甘蓝不同变种材料、YL-1与11-192杂交后的F1为试材，利用荧光原位杂交技术鉴定导致重组抑制的结构变异组成；分析结球甘蓝、芥蓝不同变种间杂交获得的8个F2群体在C01染色体结构变异区的重组情况，进一步明确该结构变异对重组的影响；利用InDel标记筛选变种内材料杂交获得的F2群体，构建高密度遗传连锁图谱，并对重要农艺性状进行QTL定位，解析该重组抑制区的遗传效应；YL-1、11-192间的F1分别与双亲进行6代回交后自交获得代换系，表型鉴定揭示该结构变异区在替换背景下的遗传效应。本研究属于连接种质资源、基础研究和常规育种的一个综合交叉学科，通过解析结球甘蓝、芥蓝间C01染色体重组抑制区的结构组成及其遗传效应，对于指导变种间性状改良、甘蓝变种的进化分析具有重要意义。

基于国内外首次发现的甘蓝YL-1与芥蓝11-192之间C01染色体重组抑制现象，新构建YL-1与自交系01-20的分离群体验证了C01染色体确实存在重组抑制，两个群体比较发现重组抑制主要是由YL-1导致的。进一步比较其他两个染色体相关区段C03（45-53Mb）及C09（7-20Mb）的重组抑制情况，结果表明重组正常，在该重组正常区域成功克隆了控制黄色花瓣、紫色叶片的基因。根据YL-1和01-20的重测序结果，开发标记构建高密度遗传连锁图谱，比较发现在C01重组抑制区存在一个6.3Mb的大倒位。随着回交代数的增加，重组抑制被部分打破，但无法消除，进一步证明了大倒位的存在。利用标记追踪将F1（YL-1×11-192）与双亲多代回交后，获得含有该重组抑制区段的高代替换系，表型鉴定发现比其回交亲本具有更强的生长势。项目发表论文7篇，其中SCI收录5篇，培养博士硕士研究生4名。本研究属于连接种质资源、基础研究和常规育种的一个综合交叉项目，通过解析甘蓝YL-1在C01染色体重组抑制区的结构组成及其遗传效应，对于指导该区间的基因定位、分析倒位区段的生物学作用提供依据。