猪重要免疫应答性状的全基因组关联研究

动物对外界刺激所产生的免疫应答是其抗病能力的一种体现。本项目拟利用本实验室已构建的用于猪重要免疫应答相关性状QTL定位的杜洛克×二花脸资源家系，根据F2个体35日龄经病毒模拟物Poly (I:C) 刺激后测得的抗体数据，选择两尾表型个体分为Case组（n=60）和Control组（n=60），采用猪全基因组60K SNP芯片进行基因型检测，使用case-control法及新近发展的贝叶斯方法开展全基因组关联分析；依据关联显著SNPs选取候选基因和基因组区域，在这些特定区域内搜寻新SNPs，制备Sequenom芯片，对F2个体及其它实验群体进行分型和关联分析，进一步验证关联结果；借助定量RT-PCR和RNAi实验技术研究候选基因功能。研究结果可望挖掘出一批与猪免疫应答相关的候选基因和基因组候选区域，探索基因间生物学作用途径和网络，为猪的分子抗病育种的深入研究提供新的资料和科学依据。

动物对外界刺激所产生的免疫应答是其抗病能力的一种体现。本项目利用实验室构建的用于猪重要免疫应答性状QTL定位的杜洛克×二花脸F2资源家系，采用猪60K 全基因组SNP芯片和紧凑混合线性模型，对猪35日龄经病毒模拟刺激物Poly (I:C)刺激后测得的免疫应答指标（体温、血常规，血清细胞因子和T淋巴细胞参数）进行全基因组关联分析，获得一批关联显著的候选SNP和基因组区域。生物学通路分析发现，候选基因主要参与Toll-like receptors (TLRs) 通路和RIG-I 通路，能够促使产生I型干扰素并作用于MAPK调控通路，激活下游细胞因子的表达分泌。重点选取Poly I:C诱导4h后干扰素α变化的候选基因开展生物学功能研究，发现在刺激前后GBP2、ISG15、MX1、STOM、RETN和MX2等基因表达显著上调，而CYP1B1、LGALS1和CHPT1下调表达。利用PiggyBac双启动子载体系统构建猪miR-124稳转PK15细胞系，借助实时荧光定量分析稳转后miR-124表达水平，发现成熟miR-124来于14号染色体中的前体pre-miR-124a2；利用生物信息学方法和双荧光素酶报告基因检测推测ITGB1和FLOT1基因是其靶基因。本项目为猪重要免疫应答分子调控机理的深入研究和抗病性状的候选基因挖掘提供了新材料和科学基础。