蛋白质构象态离散码及其应用

以C-alpha原子伪键表示蛋白质三维骨架，结构可由折角、扭角方便地描述。四肽段是坐标和角度彼此一一对应的最小基本单元。基于四肽段的三角度代表点在相空间的密度分布对构象态作聚类，可获得离散构象态码。构象态码将三维结构转化为一维字母序列。借助结构相似蛋白家族库FSSP，可收集构象态码的配对组合，通过计数计算构象态码概率与随机组合概率之比的对数，可构造构象态码的替代矩阵。进而修正现有的序列比较成熟算法，将之用于快速比较蛋白三维结构。本项目将着重发展基于最大星型树的多蛋白结构快速联配算法，并实现基于构象态离散码的蛋白结构数据库快速检索。