转录因子DNA结合谱绘制新方法及其应用研究

本研究将传统指数富集配基系统进化（SELEX）与先进的第三代DNA高通量测序技术相结合，形成SELEX-seq新技术；用该技术高效绘制细胞重编程相关转录因子（如Oct4、Sox2、c-Myc、Nanog等）的DNA结合谱（DNA-binding profile，DBP）,并以此指导该类转录因子全基因组DNA靶点（TFBS）及靶基因的预测及鉴定，进而构建转录因子操纵的基因转录调控网络，深度揭示该类转录因子操控细胞重编程的分子机理。基本研究路线是：设计合成k-mer随机序列寡核苷酸，用凝胶迁移实验或免疫沉淀对寡核苷酸进行SELEX筛选，获得富集分子，再用DNA高通量测序技术（如Solexa）测定富集分子的序列，根据序列及频率信息，绘制DBP；通过全基因组的DBP扫描，预测出TFBS及靶基因，进一步大规模实验鉴定预测的靶基因；最后根据鉴定的靶基因构建细胞重编程转录因子操纵的靶基因转录调控网络。

本研究将传统指数富集配基系统进化（SELEX）与先进的第三代DNA高通量测序技术相结合，形成SELEX-seq新技术；用该技术高效绘制细胞重编程相关转录因子（如Oct4、Sox2、c-Myc、Nanog等）的DNA结合谱（DNA-binding profile，DBP）,并以此指导该类转录因子全基因组DNA靶点（TFBS）及靶基因的预测及鉴定，进而构建转录因子操纵的基因转录调控网络，深度揭示该类转录因子操控细胞重编程的分子机理。基本研究路线是：设计合成k-mer随机序列寡核苷酸，用凝胶迁移实验或免疫沉淀对寡核苷酸进行SELEX筛选，获得富集分子，再用DNA高通量测序技术（如Solexa）测定富集分子的序列，根据序列及频率信息，绘制DBP；通过全基因组的DBP扫描，预测出TFBS及靶基因，进一步大规模实验鉴定预测的靶基因；最后根据鉴定的靶基因构建细胞重编程转录因子操纵的靶基因转录调控网络。