基于比较基因组学的方法搜索细菌外源基因池

比较基因组分析揭示了细菌基因组的多样性，同个种内不同菌株的染色体除了拥有保守骨架外，还有一些菌株特异的、通过水平转移获得的基因组岛。岛上所携带的外源基因有助于维持细菌在特定生态环境中获得优势。本项目结合生物信息学和分子实验技术搜索细菌新基因组岛，快速挖掘外源基因池。通过序列比较分析识别已测序菌株基因组岛插入的位点；基于这些位点两侧保守骨架，采用PCR方法搜索和确定临床菌株中新基因组岛；利用酵母捕捉载体克隆和测序新岛，分析岛上重要基因的功能。以医源性感染最重要的条件致病菌之一肺炎克雷伯菌为研究对象，为高通量搜索和确定肠杆菌科中克雷伯菌属-肠杆菌属-沙雷菌属的外源基因池奠定基础。外源基因池的建立将有助于更为深入地理解细菌基因组多样性和基因水平转移机制，为阐明致病分子机理和抗生素抗性传播机制积累数据。