基于混合DNA策略的肺癌相关拷贝数变异的全基因组关联研究

肺癌等复杂基因疾病的全基因组关联研究的结果显示，即使是最具有统计学意义的普通SNP仍只能解释很少一部分遗传变异性。而拷贝数变异可能是"消失遗传变异性"的重要来源。已有研究显示某些染色体区域的拷贝数变异影响肺癌的人群易感性及预后。但目前尚无研究扫描全基因组范围内肺癌相关拷贝数变异。本研究采用混合DNA策略，采用最新的CNV检测平台，对肺癌相关拷贝数变异进行全基因组扫描，进而采用二阶段大样本病例对照研究设计，验证肺癌相关拷贝数变异与肺癌风险的相关性。并采用FISH等研究方法分析肺癌相关拷贝数变异的功能。本研究将发现影响中国人群肺癌易感性的主要拷贝数变异，为进一步解释遗传变异性在肺癌发病机制中的作用提供新的线索。

寻找肺癌相关的生物标志物对于进行肺癌的个性化治疗，开展精准医疗实践，减少肺癌病死率具有重要意义。我们对7个典型的肺腺癌病例的癌和癌旁组织进行了全基因组测序，采用多种生物信息学方法进行拷贝数识别，寻找癌和癌旁组织中基因组拷贝数变异(CNV)清单。选择频率最高的前10位的CNV，在114个肺腺癌样本中对其频率进行验证，并进行生物信息学分析其潜在功能。在此基础上，挑出7个CNV区域内的9个基因进行预后分析评价。通过评估这些基因对313例肺癌癌病人预后的影响后发现，位于PBXIP1基因区的CNV，其未发生扩增者肺癌死亡风险是扩增者的0.62(95%0.43-0.91).位于TERT基因区的CNV，其未发生扩增者肺癌死亡风险是扩增者的0.65(95%0.44-0.97).而位于这2个基因上CNV未扩增者的比扩增者，其延长的总生存时间和无病生存时间的中位数分别为34.32个月和34.55个月。本研究表明位于TERT基因和PBXIP1基因的拷贝数变异对于肺腺癌的预后具有潜在的影响，在临床实践中应重视这些标志物的意义。