广西新发现的结核分枝杆菌RD105L基因型研究

Guangxi is located in the special geographical location as sino-vietnamese border, southwest vomitorium and asean bridgehead, with high tuberculosis high epidemic, input and death risk. Earlier study in guangxi mycobacterium tuberculosis (MTB) gene polymorphism found a special genotype strains called “original Beijing strains " in MTB evolution, the multi-drug resistant rate of this genotype strains is higher than other genotypes, this strains was only reported in Burma, Laos, Taiwan, South Korea .The whole genome sequencing show that the genotype nucleotide sequence 76164-84825 gene(8861kb） is missing, we defines this strains as "RD105L" genotype strains. As the epidemiological and clinical characteristics, and the relationship with the multi-drug resistance about this genotype is unknown, this study intends to clarify those problems by a nested case-control study method, to understand the genotype distribution in different areas of north and south China, and the south-east Asian nations (asean),to provide a scientific basis for clinical vaccine development and TB prevention and control.

广西地处中越边境、西南大通道和东盟桥头堡特殊地理位置，具有结核病疫情高流行、高死亡及高输入的风险。课题组前期在对广西结核分枝杆菌(MTB)基因多态性研究中发现一类属结核分枝杆菌系统进化中的“原北京菌株”的特殊基因型菌株，其耐多药率明显高于其他基因型，仅在缅甸、老挝、台湾、韩国有文献报道。经本课题组全基因组测序发现该基因型核苷酸76164-84825序列发生了8661kb大小的基因片段缺失，为此拟将此类菌株暂定义为“RD105L”基因型菌株。鉴于目前“RD105L”基因型在广西境内的分布情况、流行病学和临床特征、与耐多药的关系等尚不清楚，本研究拟采用巢式病例对照研究方法，通过建立包括边境地区在内的5个研究点，收集结核分枝杆菌以研究RD105L基因型流行病学、临床特征及其与耐多药相关性，为研究我国南北方地区、东盟地区基因型差异以及边境地区结核病预防控制及临床疫苗研发提供科学依据。

本研究团队发现，在76164-84825核苷酸序列发生大片段的缺失的 “RD105L”基因型菌株在广西比较多见。为了进一步了解其特征，课题组通过分层随机抽样选择广西东、西、南、北、中5个地区(西、南部为边境地区），收集了1514株结核分枝杆菌标本开展细菌分离培养，药敏试验和基因分型，共检出217株耐药菌株和42株RD105大片段缺失菌株。同时，结合流行病学信息开展了边境和非边境地区的特征对比；分析了“RD105L”基因型的在耐药、疾病进展、临床症状及转归等临床特征上与其他基因型的异同；运用本研究的技术手段、方法、调查对象及其标本，对学生及流动人口等亚组人群的流行病学和分子生物学研究。通过分析得出以下结论：复治是广西 TB 患者发生耐药的危险因素（p＜0.001）；边境地区和非边境地区均以北京基因型 MTB 为主要流行菌株，分别占55.63％和 65.25％，非边境地区北京基因型比例显著高于边境地区（p＜0.001）；边境地区 EAI 族 MTB 流行比例高于非边境地区（p=0.041）；非边境地区 MTB 基因成簇率高于边境地区(p＜0.001)；边境地区 MTB 基因型与耐药性之间无关联，而非边境地区北京基因型 MTB 的总耐药率高于非北京基因型(p=0.039)；以北京系为主的RD105S菌株的聚类率明显高于其他基因型(p＜0.001)，因此该型菌株更容易导致近期传播；RD105L基因型菌株发生耐药的可能性比其它基因型菌株更大，如果RD105L菌株在人群中扩散，可能会导致更多的原发性耐多药病例，因此在RD105L高流行地区应强化开展耐药监测和管理工作；学生群体的结核病疫情主要来源于指示病例家庭，然后在同寝室学生之间传播；女性学生指示病例可能具有更高的传播风险；广西的流动人口结核病患者数在逐年增高，主要来源于广东、湖南、云南、贵州等邻近省份，广西有与这些地区可能存在菌株基因交流。