双微体序列图谱构建、生物学功能预测及验证

双微体是染色体外基因扩增的主要细胞遗传学标志，与肿瘤的发生、演进、耐药性的产生及预后密切相关。本实验拟应用本实验室已优化的双向脉冲场凝胶电泳技术对卵巢癌细胞系UACC-1598中双微体进行分离回收，并对分离所得DMs特异性DNA采用二代测序技术进行序列分析。应用多种方法对所得序列信息进行比对、拼接等分析并应用Long PCR、染色体步移等方法对测序漏洞进行填补以初步构建UACC-1598细胞中双微体序列图谱、同时结合PCR、一代测序及Western blot等实验手段验证双微体序列特征、基因组成、以及是否介导肿瘤相关融合基因的形成、并依据所得序列特征推测双微体产生机制及其生物学功能。在此基础上，应用表达谱芯片对含双微体的UACC-1598细胞表达特征进行分析，结合已有序列信息分析双微体相关基因的表达情况，构建含双微体细胞特征性调控网络，更加深入的剖析肿瘤形成过程中双微体的生物学功能。

在国家自然基金的资助下，本研究顺利完成了所有年度研究计划。.2011年度: 完成双微体分离，序列测定及基因组起源分析。初步实现了双微体序列图谱的构建及生物信息学分析。 .2012年度：完成对双微体特征序列生物信息学分析发现非同源重组机制广泛参与双微体的形成及演进过程，同时通过对表达谱芯片的分析挖掘发现双微体所含高扩增基因MYCN，EIF5A2，SLC7A14等均在该卵巢癌细胞系中存在过表达。.2013年度：完成卵巢癌病例组织中双微体特异基因表达水平分析，统计结果确定双微体上与肿瘤相关的基因。.经过3年的努力，课题组完成了课题研究计划，已发表SCI文章2篇，另外有1篇文章正在投稿过程。同时，本研究培养硕士研究生2人。