基于高通量深度solexa测序信息的寡核苷酸芯片开发与在肉羊育种中的应用研究

肉羊的品种选育是一项耗时、耗力、难度大的系统工程，当前育种学家们多用分子标记和候选功能基因关联分析的方法对其进行研究。此种方法具有一定的科学意义，但不能全面反映基因组范围内的功能基因、小RNA与肌肉发育的关系。鉴于此，本研究拟在大量转录组和miRNA Solexa表达谱测序数据基础上开发能够用于肉羊品种选育的基因芯片。芯片采用正反向交互设计理念，同时包含肉羊与对照羊骨骼肌转录组和miRNA水平表达差异的功能基因和miRNA特征数据集，并采用LNA标记探针以此提高探针与目的基因的退火温度，使得探针和目的基因的结合更为牢靠，各探针的退火温度更为一致。该芯片的研发将可直接用于肉羊的品种选育，其采集的数据具有定向于肉用羊选育的作用，从而减少传统基因芯片结果的盲目性和假阳性，更进一步地缩小了发现影响肌肉发育的功能基因的范围，对于肉用羊的品种选育具有重要的科学研究价值和应用价值。

肉羊的品种选育是一项耗时、耗力、难度大的系统工程，当前育种学家们多用分子标记和候选功能基因关联分析的方法对其进行研究。此种方法具有一定的科学意义，但不能全面反映基因组范围内的功能基因、小RNA 与肌肉发育的关系。鉴于此，本研究在大量转录组和miRNA Solexa 表达谱测序数据基础上开发能够用于肉羊品种选育的小RNA-基因芯片。为此研究首先克隆绵羊骨骼肌miRNA，共发现308条miRNA；表达谱测序共发现1174个unigene在肉羊与对照羊骨骼肌中差异表达。芯片采用正反向交互设计理念，同时包含肉羊与对照羊骨骼肌转录组和miRNA 水平表达差异的功能基因和miRNA 特征数据集，并采用LNA 标记探针以此提高探针与目的基因的退火温度，使得探针和目的基因的结合更为牢靠，各探针的退火温度更为一致。该芯片的研发将直接用于肉羊的品种选育，其采集的数据具有定向于肉用羊选育的作用，从而减少传统基因芯片结果的盲目性和假阳性，更进一步地缩小了发现影响肌肉发育的功能基因的范围，对于肉用羊的品种选育具有重要的科学研究价值和应用价值。按照研究计划，本项目有条不紊地进行，历经三年时间圆满地完成任务，达到预期目标。项目申请专利1项，撰写学术论文7篇，其中发表4篇中文核心期刊,2篇外审，2篇即将投稿。