格特隐球菌MAT位点的重组分析

遗传学分析表明，导致加拿大温哥华岛及周边区域暴发格特隐球菌病的强毒力株VGIIa基因型很可能由同性交配产生；2005年，实验室条件下，已成功构建了新生隐球菌α-α菌株间的同性交配模型；最近，α二倍体菌株的发现被认为是同性交配中产生的中间态。直到目前为止，仍然没有发现隐球菌环境株或临床株中存在同性交配现象的直接证据。最近，通过基因组多位点遗传学分析，我们研究发现，交配型（MAT）位点内基因存在基因系谱的不一致性，提示同性交配可能。本研究拟通过对格特隐球菌交配型（MAT）位点及周围区域，以及全基因组的AFLP分析，对数据进行同质性检验等分析，通过评价树的一致性以及位点间的连锁不平衡来进一步阐明受试株间的遗传重组是否确由同性交配产生，在格特隐球菌临床和环境中寻找同性交配的直接证据，为研究格特隐球菌的致病机制打下基础。

新生和格特隐球菌是导致人类发生致命感染的病原真菌，由其所致感染可表现为脑膜脑炎、肺炎及皮肤感染等。新生隐球菌包括格鲁比变种、新生变种及两者间的杂合子AD型。新生隐球菌、格特隐球菌及变种、交配型间的准确鉴定对于后期研究及临床应用都十分重要。近年报道，格特隐球菌分布范围在逐步扩大。遗传学研究显示，导致1999年至今在加拿大温哥华岛及周边区域暴发格特隐球菌病的强毒力株VGIIa基因型很可能由同性交配产生。由于核基因组中多位点的遗传分析和群体遗传学研究常被用于分析真菌同源重组的发生，我们拟通过对交配型（MAT）位点及周围区域进行分析，对数据进行同质性检验、关联系数等分析。通过评价树的一致性以及位点间的连锁不平衡来阐明受试株间的遗传重组及是否确由同性交配产生。因此，本研究分为两部分：1）新生隐球菌、格特隐球菌及变种、交配型间的准确和快速鉴定；2）对于准确鉴定的格特隐球菌及其相应交配型进行下一步的多位点序列及遗传重组分析。完成情况如下，建立了高致病性、暴发流行株格特隐球菌VGII/AFLP6基因型的快速鉴定及序列分型研究；建立苏子种培养基用于新生和格特隐球菌的快速和简便鉴定；建立新生隐球菌格鲁比变种、新生变种和格特隐球菌的的多重PCR鉴定；分析新生和格特隐球菌基因组中的内含子缺失及应用于快速鉴定中；格特隐球菌交配型的多重PCR鉴定；对鉴定准确的格特隐球菌及其交配型进行核基因、交配型位点和线粒体基因的序列和重组分析。多位点的序列和系统发育分析结合同质性检验表明，受试位点中，仅ATP6位点发现格特隐球菌VGI和VGII菌株间基因的杂交和重组，该基因系谱与其余位点的基因系谱呈现不一致性。结果表明，VGI和VGII菌株间线粒体基因的重组；没有发现核基因及交配型位点中2者间的重组，提示VGI和VGII菌株间线粒体基因的重组现象与交配行为无关。相关成果发表于《J Clin Microbiol》等医学微生物领域权威期刊。共计发表SCI论文5篇，核心期刊3篇(接受1篇)，获得发明专利1项。