基于随机图模型的蛋白质三级结构预测算法研究
基本信息
批准号：30800168
项目类别：青年科学基金项目
资助金额：20.00
负责人：卜东波
学科分类：
依托单位：中国科学院计算技术研究所
批准年份：2008
结题年份：2011
起止时间：2009-01-01 - 2011-12-31
项目状态： 已结题
项目参与者：韦祎,杨继爽,于春功,邵明富,林皓,袁雄鹰,董恭谨,药青
关键词：
蛋白质三级结构整数线性规划远程相互作用随机图模型
结项摘要
蛋白质三级结构预测是计算生物学的重要问题。由于对相互作用处理不够完善等原因，现有算法对于长的、以及Beta类蛋白预测精度较低。.针对上述不足，本课题沿着"估计残基二面角偏好，并根据相互作用预测二面角"的路线，首先采用线性规划技术对所有长为9的短片断预测其可能结构，我们不仅考虑profile等序列特征，同时还考虑溶液可及性等结构特征，目的是在降低可能结构候选集规模的同时，提高预测准确度；接着从预测出的片断结构出发，对每个残基使用von Mises分布来刻画其二面角phi/psi的偏好，并使用迭代技术不断提高对二面角的预测精度；最后根据预测出的近程/远程相互作用，构建Markov 随机场模型，使得在确定某个残基的构像时，可以依据与其有相互作用的相关残基二面角取值，按照一定的条件概率采样出其二面角。.这样既能够有效利用近程/远程相互作用信息，又能够克服Monte Carlo方法搜索空间过大的缺点
项目摘要
项目成果
{{index+1}}
{{i.achievement_title}}
{{i.achievement_title}}
DOI：{{i.doi}}
发表时间：{{i.publish_year}}
暂无此项成果
数据更新时间：2023-05-31
其他相关文献
1
多能耦合三相不平衡主动配电网与输电网交互随机模糊潮流方法
多能耦合三相不平衡主动配电网与输电网交互随机模糊潮流方法
DOI：10.13334/j.0258-8013.pcsee.190276
发表时间：2020
2
一种基于多层设计空间缩减策略的近似高维优化方法
一种基于多层设计空间缩减策略的近似高维优化方法
DOI：10.1051/jnwpu/20213920292
发表时间：2021
3
基于被动变阻尼装置高层结构风振控制效果对比分析
基于被动变阻尼装置高层结构风振控制效果对比分析
DOI：10.13197/j.eeev.2019.05.95.fuwq.009
发表时间：2019
4
基于多色集合理论的医院异常工作流处理建模
基于多色集合理论的医院异常工作流处理建模
DOI：
发表时间：2020
5
基于改进LinkNet的寒旱区遥感图像河流识别方法
基于改进LinkNet的寒旱区遥感图像河流识别方法
DOI：10.6041/j.issn.1000-1298.2022.07.022
发表时间：2022
卜东波的其他基金
批准号：61272318
批准年份：2012
资助金额：80.00
项目类别：面上项目
批准号：31770775
批准年份：2017
资助金额：60.00
项目类别：面上项目
相似国自然基金
1
基于图着色算法的蛋白质结构预测的模型研究
批准号：61261025
批准年份：2012
负责人：赵凌琪
学科分类：F0124
资助金额：42.00
项目类别：地区科学基金项目
2
基于数据驱动的蛋白质三级结构预测算法研究
批准号：11871290
批准年份：2018
负责人：杨建益
学科分类：A0604
资助金额：52.00
项目类别：面上项目
3
蛋白质三级结构从头预测研究
批准号：30240016
批准年份：2002
负责人：王玉宏
学科分类：C0505
资助金额：20.00
项目类别：专项基金项目
4
蛋白质残基间相互作用预测算法研究及其在三级结构预测中的应用
批准号：31770775
批准年份：2017
负责人：卜东波
学科分类：C0504
资助金额：60.00
项目类别：面上项目