基于生物信息学寻找用于胃癌诊断及预后判断的唾液标记物

胃癌是所有癌症中，在我国致死率最高的癌症。胃癌的早期诊断、预警和预后判断，是降低胃癌致死率的关键。唾液作为一种检测体液，具有取材更简单方便、对机体完全无创伤、可反复取样和安全性更高等优点。近来研究表明，唾液中的分子标记物有希望成为胃癌分子标记物发展的新方向。本课题以胃癌为主要研究对象，基于大规模挖掘癌变表达基因组和蛋白组数据，整合唾液蛋白特征性GO本体术语集及通路富集分析的方法来筛选胃癌的候选唾液诊断标记物及预后判断标记物。从而为唾液组学的发展及开发临床实用的新型胃癌分子标记物打下良好的前期基础，为进一步探讨胃癌的侵袭和转移等病理过程提供理论依据。

本项目完成情况良好: 项目申请人及其团队在项目执行期间，发展了一系列的大数据挖掘的方法，并利用这些方法从肿瘤基因组数据中筛选可用于癌症早期诊断的体液标记物, 并取得了一系列成果。以前列腺肿瘤为例, 项目申请人及其团队通过GO本体术语筛选、通路富集分析等手段筛选出了19个可用于早期诊断的尿液标记物。以胃癌为例, 项目申请人及其团队首先收集了2300个唾液蛋白，并利用高效离散贝叶斯与快速拟合分离整合的方法(FCBF#), 得到了唾液蛋白的一系列特征量。随后应用这些特征量，我们构建一个基于支持向量机(SVM)的分类器，并用这个分类器从3680个胃癌高表达基因中筛选出了可用于早期诊断的23个特异性唾液标记物。总结项目所取得成果: 发表SCI文章4篇(影响因子均大于3.0), 发表国际著名图书类Methods in Molecular Biology章节一部, 胃癌唾液标记物的工作已经总结成文并提交发表，目前在根据审稿意见修改中。