基于转录组数据的芒属植物分子标记挖掘及分子图谱构建

芒属植物俗称芒草，为禾本科的C4类多年生高大草本，主要分布东亚、东南亚和太平洋群岛等地区。芒属植物具有生物质产量高、地下根状茎发达、抗逆性强、适应性广等特点，可用于造纸、饲料、水土保持和生态修复等。近年来，芒属植物更作为一种具有重要开发利用前景的能源作物而倍受关注，可用于火力发电或生产燃料乙醇。因此，开展芒草的分子育种工作具有重要的理论和应用意义。在本实验室的前期研究中，通过高通量的RNA-Seq测序技术已经获得了芒属5种植物共计10Gb的转录组数据，在此基础上本项目提出：采用生物信息学方法从这些数据中挖掘批量的SSR和SNP标记，构建我国特有芒属植物南荻分子图谱，进而将其与近缘种属进行比较分析。从而厘清芒属植物种间及其与禾本科其它植物间的亲缘关系，揭示芒属植物基因组的基本结构和组成规律，为后续的基因定位、基因克隆和分子标记辅助育种奠定基础。

芒属植物（Miscanthus）俗称芒草，为禾本科的C4类多年生高大草本，主要分布于东亚、东南亚和太平洋群岛等地区。芒属植物具有生物质产量高，地下根状茎发达，抗逆性强，适应性广等特点，可应用于造纸、饲料、水土保持和生态修复等。近年来，芒属植物更多地作为一种具有重要开发利用前景的能源作物而受到高度关注，可用于火力发电或生产燃料乙醇。因此，开展芒草的分子育种工作具有重要的理论和应用意义。在本实验室的前期研究中通过高通量的RNA-Seq测序技术已经获得了芒属5种植物共计10Gb的转录组数据，在此基础上本课题采用生物信息学方法从芒属植物的转录组数据中挖掘了10,573个EST-SSR，成功设计了7929对引物，同时，利用磁珠法从五节芒的基因组中鉴定了12对SSR多态性位点。我们利用分子标记及基因序列分析芒属植物种野生群体的遗传多样性及芒属植物种间及其与禾本科其他植物间的亲缘关系，为后续的基因定位、基因克隆和分子标记辅助育种奠定基础。