引入二级结构信息的RNA序列快速比对

RNA是一种种类多样且具有重要功能的生物大分子。在后基因组时代中，RNA比对是RNA新个体及功能发现的基础，对基因定位、功能确定、疾病诊断、药物研制等起关键作用。本项目研究引入二级结构信息的RNA序列快速比对，包括基于螺旋区组合的二级结构轮廓快速预测算法、基于图匹配的结构轮廓间快速比对算法、基于匹配结果的结构精细预测及比对算法等。根据RNA序列变异快而通过保守的二级结构来行使功能的特点，通过二级结构轮廓的定义与使用，解决现有的快速比对算法仅基于序列信息而不适用于RNA比对的问题；通过结构预测与比对分阶段交叉进行的计算思路，解决目前融入结构信息的各类方法中，结构预测与比对先后进行的两类方法分别受结构预测与序列比对精度的影响，而二者同时计算的方法则计算复杂度过高、无法实际应用的限制。在引入包含伪结的高精度结构信息提高比对准确度的同时，降低比对计算复杂度，满足高速积累的RNA数据实际的比对需求。