全基因组关联分析搜寻斑秃的易感基因

斑秃(Alopecia areata,AA)是一种成人、儿童易患的毛发疾病, 发病原因不明，可能是由遗传与免疫等因素共同作用的一种复杂性疾病。全基因组关联分析（GWAS）是目前发现复杂疾病易感基因的有效方法。迄今为止，仅有一项关于斑秃的GWAS研究，鉴于遗传异质性，本课题组拟利用高通量Illumina Human 610-Quard SNP分型芯片对中国汉族人1000例AA和1000例对照进行全基因组关联分析研究。通过Plink软件分析，对显著易感区域拟利用Sequenom和TaqMan平台对另外独立人群3000例AA和5000例正常对照进行验证，确定易感基因位点。利用测序方法进行易感基因的精细研究，结合基因功能验证，确定AA易感基因，为解释AA的发病机制、基因诊断、疾病预后评估，个体化治疗提供理论依据。

斑秃的病因复杂，遗传因素在斑秃的发病过程中起着重要作用。 本研究选择GWAS、候选基因关联分析及外显子测序中与斑秃相关的易感基因进行验证研究，共选取了DMBT1, GBP4, CIITA, IL1A, KIAA0350, SPATA5, IL-13, CHIT1, TRAF1, PTPN22, IL31RA, MASP2, INPPL1, ILR1, CD96, CTLA416个基因。.本研究选择736例斑秃患者和1,840例对照者，提取基因组DNA，利用Sequenom Massarray系统，对国外报道的斑秃易感基因位点(16个SNPs) 进行验证，用Plink 1.07软件对基因分型结果进行关联分析，若P < 0.05，具有统计学意义。.结果：位于TLR1, DMBT1, CHIT1, GBP4, CIITA, IL31RA, CD96, INPPL1, MASP2, IL-13, KIAA0350, PTPN22, SPATA5, TRAF1 ⁄C5, IL1A, CTLA4基因上的16个SNPs位点中只有1个位点的P<0.05。该点位于2号染色体CTLA4基因上[rs3087243, P=0.04116, odds ratio (OR) 1.18, confidence interval (CI) 1.01-1.38]，经(Bonferroni)校正后P值（Pc）没有意义(Pc=0.699)，其余15个位点等位基因频率在病例组(736例)和对照组(1,840例)之间差异无统计学意义(P> 0.05)；分层分析发现在发病年龄大于20岁与小于等于20岁两组之间比较，P<0.05，差异具有统计血意义[TRAF1,rs2416808, P=0.0184，odds ratio (OR) 1.35, confidence interval (CI) 1.05-1.74]；轻型与重型斑秃两组之间比较，P<0.1，差异无显著相关性[DMBT1, rs2277244, P= 0.08617, OR=1.54(0.94-2.52]；等位基因频率在有无家族史及男女性别之间比较无统计学意义(P> 0.05)。.结论：验证欧美斑秃人群的16个易感位点与汉族人群的斑秃无显著相关性，不同人群之间可能存在遗传异质性，需在大样本量中进行进一步的验证研究。