白癜风6q27区域易感基因搜寻

白癜风是一种常见的严重影响美观的色素性皮肤病。本课题组通过遗传流行病学研究和连锁分析证实该病是一种由遗传、免疫及环境等多种因素交互作用引起的复杂疾病。本课题组最近又完成了一项大样本量的中国人群白癜风全基因组关联研究（GWAS，1117患者/1429对照），并对GWAS初步结果在多个独立人群（6623病例/10740对照）中进行了验证，发现在6q27存在一个约200kb的区域与白癜风易感性显著相关（P=9.72×10-17），该区域仅包含3个已知基因：RNASET2、FGFR1OP及CCR6。为了确定具体的白癜风易感基因，本研究拟联合应用Sequenom、Taqman基因分型技术和ABI3730测序技术对该区域进行精细定位和易感基因搜寻，同时鉴定相关基因在白癜风发病中的作用，并结合临床信息构建基因型－表型数据库。本项目将为白癜风发病机制的研究提供新的理论依据。

白癜风是一种多基因遗传性皮肤病，遗传因素在发病中起到至关重要的作用。目前国外利用多种遗传学分析方法发现了本病的多个易感基因。本研究前期利用全基因组关联分析方法，将汉族人白癜风易感位点确定在6q27区域的一个200kb区域内（该研究结果已经被Nature genetics杂志发表）。该研究主要是进一步在该区域以及与之相关的其他位点内精细定位，以进行易感基因的搜寻，为阐明其遗传学发病机制奠定基础。研究小组针对该项目进行了如下分析，取得初步结果如下：.（1）继续收集汉族人群和维吾尔族人群白癜风患者标本以及正常对照标本共10000余例。.（2）6q27区域目前共有3个已知基因，包括RNASET2、FGFR1OP、CCR6。国外研究报道白种人群CCR6基因可能与白癜风相关。本研究利用Sequenom和TaqMan 两种SNP分型技术，选取CCR6基因上的1个 SNP位点rs2071171在汉族人群 (99病例和663个对照)中进行验证试验，但研究结果均为阴性（P值>0.05）。.（3）利用imputation统计学分析方法在2000余例白癜风患者和正常对照中对该区域前后300kb区域内的15917个SNP位点进行分析，发现P值小于2x10-4的位点46个，包括部分插入和缺失突变。但是该结果有待于增加样本量或者在不同人群中进一步验证。.（4）前期GWAS研究除发现6q27区域易感位点外，也发现其他多个可疑易感基因及位点。由于白癜风为多基因疾病，因此各位点之间可能存在交互作用，因此本研究在大样本量人群中对其他位点进行了验证，发现12q13.2（IKZF4、PMEL）、11q23.3（DDX6 和 CXCR5）、10q22.1（SLC29A3 和 CDH23）与白癜风相关。.（5）此外，本研究对位于16q24.3, 8q24.22, 19p13.3, 22q13.2, 12q24.12, 3q13.33, 10q25.3, 7p21.3, 3p13, 4p16.1and 11p13染色体上的11个白癜风可疑易感SNP位点扩大样本量进行验证，发现rs9926296 SNP可能与早发型白癜风发病相关。.（6）本研究同时验证了国外白种人群发现的白癜风易感基因PTPN22, RERE, GZMB, C1QTNF6 和UBASH3A，但研究结果均为阴性（P值>0.05)