中国汉族人尿道下裂全外显子组研究

The etiology and its mechanism of hypospadias is still not clear and needs further study. Hypospadias is a complex diseases by susceptibility genes, genetic factors, endocrine hormones and environmental factors were involved in. Epidemiological study indicates that hypospadias have differences in racial and genetic heterogeneity. For hypospadias in Han Chinese, exome sequencing has great significance. By exome sequencing, the study on exome can identify exon susceptible genes of hypospadias in Han chinese. In screening stage, 7 twins families of hypospadias apply for exome sequence caputure by Agilent SureSelect Human All Exon 50Mb Kit, and exon region by captured will be sequenced by high-throughput sequencing of Illumina Hiseq2000. After sequence alignment, quality control, and other bioinformatics analysisdata, a number of possible susceptible SNPs or potential mutations of hypospadias were filtered out. In checking stage, through a literature review as well as specialized databases, selecting some SNPs or genes as candidate targets to checked by large-scale sequencing in specimens of hypospadias patients with sporadic, combined with statistical analysis, recognition susceptible genes or mutant genes of hypospadias in Han Chinese.

尿道下裂的病因和发病机制仍不清，有待研究。尿道下裂发生与遗传因素、内分泌激素及环境因素等有关。流行病学研究提示尿道下裂存在种族差异和遗传异质性，在中国汉族人群中进行尿道下裂的全外显子组研究具有重要意义。本研究拟主要利用外显子组测序方法对中国汉族人群尿道下裂全外显子组研究来识别尿道下裂易感基因，在初筛阶段采用Agilent SureSelect Human All Exon 50Mb Kit对7个双胞胎尿道下裂家系进行全外显子组序列捕获，对捕获后的外显子区域采用Illumina Hiseq2000测序仪进行高通量测序，经过序列比对、质量控制等生物信息学分析后筛选出一批可能的尿道下裂易感SNPs或潜在的突变。通过查阅文献以及专业数据库，选择若干SNPs点或者基因，作为候选靶点，在散发的尿道下裂患者的标本中进行大规模测序验证，同时结合统计分析，识别中国汉族人尿道下裂发生的易感基因或者突变基因。

背景.尿道下裂的病因和发病机制仍不清，有待研究。尿道下裂发生与遗传因素、内分泌激素及环境因素等有关。在中国汉族人群中进行尿道下裂的全外显子组研究具有重要意义。本研究拟主要利用外显子组测序方法对中国汉族人群尿道下裂全外显子组研究来识别尿道下裂易感基因。.主要研究内容.对 7 组双胞胎尿道下裂家系进行全外显子组序列捕获，对捕获后的外显子区域采用 Illumina Hiseq2000 测序仪进行高通量测序，经过序列比对、质量控制等生物信息学分析后筛选出一批可能的尿道下裂潜在的突变。通过查阅文献及专业数据库，对获得的可能的突变基因进行筛选。对目前已知的尿道下裂热门的候选基因ER1，ER2，DGKK SNP与尿道下裂易感性之间的关系进行了病例对照研究。.重要结果.对双胞胎尿道下裂家系测序结果进行比较，未发现共同的SNP位点，但有24个潜在突变基因为两组或以上样品间所共有，其中NBPF10在3组样本中均存在潜在突变位点。该基因位于1q21.1，该染色体区域与泌尿系畸形的发生有一定相关性。患病个体以DNA拷贝减少为主。在对散发尿道下裂患儿进行病例对照研究，发现中国北方人群中，ERS1基因，DGKK基因与尿道下裂的发生可能无关。ESR2基因单核苷酸多态性可能和中国北方人群尿道下裂易感性相关，ESR2基因rs1256040位点的基因型G/A，G/G可能是决定尿道下裂易感性的一个重要因素。.科学意义.目前进一步的测序验证工作正在进行，有希望识别出中国汉族人尿道下裂发生的候选基因或致病基因。