猪胚胎发育相关嵌合RNA与其亲本基因的鉴定、功能及影响产肉性状的分子机制

嵌合RNA亦称嵌合基因，系由两个或两个以上亲本基因，或同一基因方向相反的两条链转录编码，形成的新转录本。近期研究表明，嵌合RNA是一种重要生物学现象，在生物中广泛存在，但猪中尚未见研究报道。猪出生前骨骼肌生长发育程序性地决定着出生后性能表型。本组已获得中外猪种16个时期的胚胎骨骼肌样本和大量高通量转录组信息。在此基础上，建立快速发现鉴定技术体系，确定猪嵌合RNA及其亲本基因。补充完善不同时期胚胎骨骼肌转录谱与蛋白质指纹图谱，通过生物信息学分析和试验验证，发现潜在影响猪产肉性状形成的重要嵌合RNA。对一些重要候选嵌合RNA及其亲本基因（如MyoG、MyoD1等）进行深入的功能及调控分析，解析嵌合RNA与亲本基因间的关系，通过群体分析等方法探讨其影响产肉性状的分子机制。本项目有望进一步拓展对传统基因概念及RNA世界的认识，丰富猪基因组和转录组信息，为猪产肉性状遗传改良提供理论基础。

加强猪重要经济性状的遗传分析和依托生物技术培育高产优质新品种（系）是我国地方猪资源可持续开发利用的必经之路。重要经济性状的形成是多层次、多网络的基因互作和信号通路间相互影响的结果。.本项目通过对不同品种猪转录谱分析，建立了猪嵌合RNA数据库1个，完善了不同时期不同品种猪转录谱数据库、比较转录谱数据库，申请软件著作权1项；建立稳定、高效的猪嵌合RNA快速筛选、分离、鉴定技术体系1套，优化tophat2、ChimeraScan、FusionMap等技术方法流程，可全面对染色体空间互作、嵌合RNA功能预测、保守性等方面分析，发现了猪嵌合RNA1392个；提出“亲本基因通过转录工厂共享机制形成嵌合RNA”的模型，丰富了嵌合RNA形成的具体机制的理论； 在Scientific Reports、BMC Genomics等国际权威刊物发表SCI论文4篇，其中：影响因子5以上的1篇，影响因子3以上的1篇；申报国家发明专利3项；培养博士后1名，博士研究生2名，硕士研究生3名，项目成员获得多项荣誉称号：1人次获全国农业先进个人，1人次获中央国家机关五一劳动奖章，3人次获中华农业科技奖创新团队奖，1人次获中国农业科学院优秀博士后称号，1人次获中国农业科学院优秀博士培养计划资助。.通过本项目的实施，从RNA水平发现了大量新的嵌合RNA，建立一套快速准确分离鉴定嵌合RNA的方法，揭示重要嵌合RNA的结构特征、功能，解析嵌合RNA影响猪重要经济性状的分子机制，丰富了RNA基本生物学理论，为猪遗传育种提供基础。