台湾独蒜兰（Pleione formosana Hayata）居群遗传多样性及谱系地理学研究

Pleione formosana Hayata is a rare and endangered orchid endemic to China, with high ornamental, breeding, and medicinal value. Due to over-collection and destruction of natural habitats, the wild populations are extremely reduced, which makes it one of the threatened species on the International Union for the Conservation (IUCN) of Nature Red List of Threatened Species. P. formosana is distributed mainly in Guangdong, Fujian, Jiangxi, Zhejiang, Anhui and Taiwan Island, China, and it is the only species of this genus distributed in Taiwan. Furthermore, combined with the variety in morphological features among its populations, it is an important and ideal material for the studies of genetic diversity and phylogeography. Based on comprehensive sampling, restriction-site associated DNA (RAD) tagged-sequencing will be used to analyze the single nucleotide polymorphism (SNPs) in order to determine the genetic structure and genetic diversity of the populations of P. formosana. By analyzing the present geographical distribution pattern and the geography and history data, the relationship of it populations, and the refuges, migration and diffusion routes will be figured out, so as to propose a sufficient conservation strategy. This research will be of significant importance for the conservation, utilization, and establishing mechanism of P. formosana’s populations after the formation of the Taiwan Strait.

台湾独蒜兰（Pleione formosana Hayata）是中国特有兰科植物，极具观赏、育种和药用价值。由于人为过度采挖和生境受到破坏，其野外资源急剧减少，为世界自然保护联盟濒危物种红色名录中的濒危物种。该种集中分布在中国广东、福建、江西、浙江、安徽和台湾岛，且为该属分布于台湾的唯一种，加之其居群间多变的形态特征，使其成为进行遗传多样性和谱系地理学研究的重要和理想材料。本项目在全面采样的基础上，拟选用基于限制位点相关的DNA（RAD）标记测序法，对单核苷酸多态性（SNPs）位点进行分析，确定遗传结构和遗传多样性水平，同时结合现今地理分布和地史资料探讨其群体间的关系，寻找其冰期避难所和冰期后的迁移扩散路线，提出科学的保护措施。该研究对台湾独蒜兰的保护和应用，对探讨台湾海峡形成期间植物的避难场所及生存方式等具有重要的参考价值。

本项目完成了福建、台湾、浙江、安徽、江西、广东、湖南、四川、陕西、云南、贵州、湖北、重庆的独蒜兰属植物的调查工作，并对台湾独蒜兰、金华独蒜兰、独蒜兰、美丽独蒜兰，小叶独蒜兰、云南独蒜兰、陈氏独蒜兰、大花独蒜兰、艳花独蒜兰进行采样，利用核基因片段nrITS和叶绿体基因matK、trnL-F、trnT-F片段，进行台湾独蒜兰的分子鉴定，确定了台湾独蒜兰与独蒜兰复合种分离，台湾、福建、浙江、安徽南部、江西东部、湖北东部为台湾独蒜兰分布区，小叶独蒜兰以及来自乳源、临武的样品为台湾独蒜兰与陈氏独蒜兰的杂交种，湖南新宁、双牌和贵州雷山的样品为美丽独蒜兰与陈氏独蒜兰杂交种，江西安福群体为台湾独蒜兰与美丽独蒜兰的杂交群。采用RAD法进行高通量测序，对台湾独蒜兰、金华独蒜兰、独蒜兰、美丽独蒜兰，小叶独蒜兰、云南独蒜兰群体的单核苷酸多态性（SNPs）位点进行分析，结果表明地理隔离和杂交是该类群的成种机制；整个群体分成台湾独蒜兰复合种和独蒜兰复合种两大类群，其中独蒜兰复合种遗传多样性高于台湾独蒜兰复合种；台湾独蒜兰快速扩张前，经历了明显瓶颈效应，而独蒜兰复合种未遭受明显瓶颈效应；台湾独蒜兰复合群沿山脉进行迁移，台湾海峡，山脉间的平原是基因流主要的地理屏障。该研究对独蒜兰属不同类群的保护策略的制定以及育种的亲本选择和良种选育，具有重要的参考价值。