叶绿体全基因组条形码鉴定方法研究

DNA条形码技术为当前学科热点之一，但由于序列长度仅300-700bp，并受PCR扩增有效性限制，至今尚未找到可适用于植物的公认通用序列。为此，申请人首次提出利用叶绿体全基因组条形码（cp-genome barcoding）替代DNA条形码的学术假设,该技术具有鉴定功能强、适用范围广、变异信息丰富等优势。高通量测序技术（如罗氏GS FLX）的应用使每个叶绿体全基因组的测序成本大幅下降至100美元，并且预期还会大幅降低。本研究以分类鉴别困难的贝母属为例，研究：1）利用RCA或长距离PCR并结合pyrosequencing平行测序技术快速获得叶绿体全基因组序列的方法；2）用PAUP计算遗传距离,用Wilcoxon检验分析种内和种间差异的显著性；3）结合GenBank中已有的叶绿体全基因组序列分析该技术在不同植物类群和分类阶元上的通用性，以期形成全新的叶绿体全基因组条形码鉴定体系。