基于W染色体多态性的鸡起源进化与种质鉴定研究

Chinese native chickens are an important animal genetic resource ,the orign and genetic diversity of native breeds is a research focus for the preservation of this resource. Most molecular studies of chicken domestication have used the polymorphism of mitochondrial DNA (mtDNA) and autosomal loci, the result is always in dispute in the academic field. The polymorphism of sex chromosome are recently most effective markers in studying the origins of human and animals. Through the next generation sequencing, routine molecular cloning techniques,the potential microsatellite loci, single nucleotide polymorphism, insertion/deletion and copy number variation will be investigated. The mutation model of W-chromosomal, genetic differentiation and molecular diversity of the different chicken breeds will be analyzed. To trace the history of the evolution, genetic relationship, classification status of Chinese domestic chicken ,to probe into the feasibility of the W-chromosomal markers to use for the identification of purity and origin of different chicken breeds and to solve the problem of single or multiple origins of domestic chickens. The new method and thinking may can provide the theory for conservation,classification and development of Chinese native chickens .

地方鸡品种是我国动物遗传资源重要的组成部分，其起源进化和遗传多样性一直是人们研究的热点。以往的研究多集中常染色体核DNA和线粒体DNA层面，研究结果一直存在争议。近年来，性染色体多态性成为研究人类和动物起源进化十分有效的遗传标记。本项目针对鸡W染色体潜在微卫星座位（W-STR）、单核苷酸多态性（W-SNP）、插入和缺失（W-InDel）和拷贝变异（W-CNV），采用高通量技术（重测序、RNA-Seq等）筛选，常规技术（PCR、QPCR等）验证，研究我国地方鸡种W染色体变异模式、遗传分化差异和分子遗传多样性，追溯家鸡的进化历史，相互亲缘关系和分类地位；探索W染色体标记作为鉴定不同鸡品种（群体）来源和纯度的可行性；阐明家鸡是单一起源还是多起源的科学问题；为我国地方鸡种质资源保护、科学分类及开发利用提供新的方法和理论。

地方鸡品种是我国动物遗传资源重要的组成部分，其起源进化和遗传多样性一直是人们研究的热点。以往的研究多集中常染色体核DNA和线粒体DNA层面，本项目针对鸡W染色体潜在微卫星座位（W-STR）、单核苷酸多态性（W-SNP）、插入和缺失（W-InDel）和拷贝变异（W-CNV），采用高通量测序等技术，研究了我国地方鸡种W染色体变异模式、遗传分化差异和分子遗传多样性。本项目的主要研究成果如下：.1、完成了我国地方鸡品种基因组的NGS重测序，获得了高、中覆盖度的W染色体基因组STR、SNP、InDel和CNV基因型数据集，并比较了与部分国外进口品种的差异。.2、对我国地方鸡品种的W染色体多态位点进行了大群验证，筛选了品种特异性变异位点，并构建了品种特异性条形码。.3、建立了多个基于W染色体基因的家禽分子生物学性别鉴定的新方法，设计出可以同时鉴定鸡、鸭、鹅、鸽、番鸭、鹌鹑等家禽的通用引物。.4、我国地方鸡品种群体的W染色体全基因组测序数据，以及W染色体STR、SNP、InDel和CNV变异的数据对于研究家鸡进化、驯化以及育种来说都是宝贵的资源。这些数据为我国地方鸡种质资源保护、科学分类及开发利用提提供了很好地基础。