RNA-Seq策略探索福氏志贺氏菌体内外表达谱差异

痢疾是由志贺氏菌引起的严重肠道传染病，在今后相当长时间内仍将是传染病防治工作中的重点。本项目计划拟通过以Solexa测序方法为基础的转录表达谱研究（RNA-Seq），获得志贺氏菌在体内（兔肠结扎）/体外环境中的差异表达基因。对比转录组结果与蛋白质组学结果，选取相关的差异表达基因 或ncRNA（特别是位于毒力大质粒上的）作为研究目标，构建一系列基因缺失突变株。利用不同的毒力评价模型（豚鼠角膜、HeLa细胞侵袭及小鼠肺部侵袭等）评价突变株的毒力强弱，以期发现新的毒力相关基因或ncRNA，初步探究志贺氏菌与宿主相互作用过程中的基因调控机制，同时能为其他病原微生物的相关研究提供借鉴．

福氏志贺氏菌能够造成人类腹泻，是发展中国家的一个重大公共卫生问题。本研究利用兔回肠结扎模型，对福氏志贺氏菌在动物肠道内的转录组和蛋白质组的变化进行了分析。体内和体外样品RNA-seq实验结果对比表明，19个基因的转录水平发生了巨大变化，其中10个基因转录水平升高。同时，比较蛋白质组学研究也发现了6个差异表达蛋白。但RNA-seq和蛋白质组学的结果吻合度不好。其原因可能是这两种技术的靶标存在差异。即，转录调节蛋白很容易被RNA-seq检测到，而蛋白质组学更容易检测到那些高丰度的效应蛋白。除了上面的研究结果，本研究也提供了一个技术细节：RNA-seq分析的目标为细菌，尤其是那些具有许多可移动遗传元件的细菌时，由于细菌核糖体rRNA去除效率明显低于真核细胞，需要收集更大量的测序数据。