蛋白功能环区组合肽库的计算机模拟,筛选和分子设计

改变蛋白环区序列是功能蛋白质设计的重要方法。本课题运用自己建立的环区数据库的最新统计结果，凭借我们精确快速的环区构象计算程序和基于微扰突变的侧链遗传算法，将分子对接算法与组合化学策略结合，提出了用计算机模拟筛选组合肽库以获得功能蛋白的合理方法。其优势是将蛋白质主链和侧链计算分离，将侧链计算一分子对接结合，从而反巨大组合数量的构象和结接计算简化为少量正则构象的计算。同时，通过改时侧链算法，对特定折叠模式的骨架结构进行了序列的全新设计研究，获得了设计的基本思路。本课题的主要创新之处在于将组合化学概念的多样性与蛋白质环区构象家族分类的有限性结合起来，使计算机模拟组合肽库这样复杂的体系成为可能。