蛋白质与其抑制剂作用机制的分子动力学模拟和量子力学分析

本研究工作分别运用QM/MM方法、路径积分分子动力学法和MFCC法研究HIV-1蛋白酶与不同配体的复合物中水分子W301所起的作用，计算其量子相互作用能，用MM-PBSA方法研究水分子W301对结合自由能的贡献。本项目还对HIV-1蛋白酶与不同配体的复合物、丙肝病毒蛋白酶与候选药物SCH6进行分子动力学模拟，运用MM-PBSA方法计算抑制剂与蛋白质复合物的绝对结合自由能，通过能量分解的方法考察蛋白质残基与配体之间的相互作用和识别，然后应用MFCC方法对蛋白质体系进行量子力学的研究，求出配体与蛋白质整体和各残基的量子相互作用能，并将量子方法的结果与分子动力学方法研究的结果进行比对，更深入地分析其作用机理，从一个新的侧面理解蛋白质和配体、蛋白质和蛋白质的相互作用。