基于热力学属性的计算编码序列的研究与应用

随着DNA计算研究的逐步深入，编码问题的重要性愈加凸显，它在一定程度上决定着DNA计算模式的未来走向。早期通用的随机定长编码方案本身所固有的不可移植性和偶然性等特点严重地制约了DNA计算的发展。从分子生物学角度看，DNA序列自身的物理化学属性决定了编码序列的存在形式；而编码序列的热力学属性则是后续生物化学反应的动力源泉。基于此，本项目拟较为系统地研究适用于DNA计算的较短的(15-100bp)DNA序列的热力学属性和物理化学属性；探求各约束条件之间的内在联系；并对其进行整体优化组合。然后在此基础上，构建计算编码序列的通用设计平台，该平台包括：设计标准、设计策略、编码序列生成软件以及编码序列评价体系等；并以此为指导在生化实验室中用于解决图与优化组合中的某些实际问题，通过解决这些问题，对原编码方案寻求进一步的优化与完善；最后争取就某种NP困难类问题在计算规模上寻求突破。