准噶尔荒漠鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组多态性研究

准噶尔荒漠鼠疫疫源地是2005年在新疆新发现的一类鼠疫自然疫源地，其菌株基因组多态性信息基本为空白。本研究拟选择该疫源地分离菌株以及临近疫源地的代表性菌株，利用全基因组芯片杂交、DFR分析、SNP分析、MLVA分析、CRISPR分析、IS插入序列分析等技术手段，从基因获得与缺失、点突变、重复序列、基因组重排等方面研究其基因组多态性，初步阐述该疫源地菌株基因组型别和基因组多态性特征，并建立菌株基因组多态性数据库；结合菌株营养型、毒力等表型信息和流行病学数据，与临近疫源地菌株进行比较，可以勾勒该疫源地菌株基因组微进化与菌株生态位适应、鼠疫疫源地扩散之间的联系。通过比较该疫源地菌株与相邻的中亚沙鼠疫源地菌株之间的基因组比较，初步阐明该疫源地与中亚疫源地的关系。本研究可从基因组水平全面解析该疫源地菌株特性，进而为病原体检测，以及突发鼠疫的溯源诊断和疫情判定等提供技术支持和理论基础。

2005年，我国首次从病原学角度证实了新疆准噶尔盆地存在鼠疫自然疫源地。准噶尔荒漠鼠疫疫源地作为一个新发现的自然疫源地，其菌株基因组多态性信息基本为空白。本课题根据细菌基因组多态性形成机制，充分考虑到细菌在进化过程中的多种机制，采用多种标记进行研究，从基因点突变、基因组重排鉴定、获得与缺失、短重复序列、全基因组测序等方面全面解析该疫源地菌株特性。初步阐述该疫源地菌株基因组型别和基因组多态性特征，并建立菌株基因组多态性数据库；采用MLVA和CRISPs分析方法对准噶尔及临近地区鼠疫疫源地共77株鼠疫菌进行了分子遗传分析，不仅进一步验证了以往的生物表形结果，而且发现准噶尔盆地鼠疫疫源地的鼠疫菌存在明显区别，是一个独立的分类类群，且与周边鼠疫疫源地存在较为密切遗传上的联系。. 通过该课题的研究，确定准噶尔荒漠鼠疫疫源地鼠疫菌具有遗传上独立性，并与周边鼠疫疫源地鼠疫菌具有基因水平的遗传交叉，与中亚鼠疫疫源地存在更为密切的联系，是我国新类型鼠疫疫源地。推测该疫源地的形成系中亚鼠疫疫源地鼠疫扩散所致。